作用方式不同：草銨膦是膦酸類，作用機理——積銨觸殺，抑制谷氨酰胺合成。草銨膦為膦酸類非選擇性傳導型除草劑，通過抑制谷氨酸合成酶這一植物的重要解毒酶作用，導致植物體內氮代謝紊亂，銨過量積累，葉綠體解體，從而使植物光合作用受抑制，導致雜草死亡。

　　草甘膦，是一種廣譜性內吸滅生性除草劑，傳導性極強，通過雜草的綠色部位吸收，傳導至全株，阻礙植株的光合作用導致死亡。可有效防治一、二年生的單子葉禾本科雜草，尤其對多年生深根雜草的地下組織破壞力極強，能達到一般農業機械無法達到的深度，在農、林、牧、園藝方面應用廣泛。

　　二、傳導方式不一樣：

　　草胺膦是半內吸或內吸很弱無傳導的觸殺滅生，

　　草甘膦是內吸傳導滅生。

　　三、除草速度不一樣：、

　　草銨膦一般為3天（正常氣溫），草甘膦一般要7～10天見效。

　　四、除草范圍不同：

　　草銨膦為廣譜、觸殺型、滅生型、非殘留除草劑，使用范圍很廣，草胺膦可以用在所有作物（只要不噴到作物上即可，行間施藥要加裝蓋或罩）。采用雜草莖葉定向噴霧處理，幾乎可以用于寬型種植的果樹、中耕作物、蔬菜和非耕地的雜草防除；能快速殺死100種以上的禾本科和闊葉雜草，特別是對耐受草甘膦的部分惡性雜草如牛筋草、馬齒筧、小飛蓬等效果非常好，成為禾本科與闊葉雜草的克星。

　　五、安全性能不一樣：

　　草銨膦在1～4天即可播種移栽。草銨膦低毒、安全、快速、環保、追肥增產，對土壤、作物根系和后茬作物無影響，持效期長，幾乎適用于所有作物除草，在土壤中易降解，對作物安全，不易漂移，更適用于在敏感期或霧滴漂移無法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶園、果園等的除草使用。

　　草甘膦一般藥7天才播種移栽（一般需要草死亡后播種，草甘膦入土后很快與鐵、鋁等金屬離子結合而失去活性，對土壤中潛藏的種子和土壤微生物無不良影響.）；草甘膦是一種滅生性除草劑，使用不當會給農作物到來安全隱患，特別是用其防除田埂或果園雜草時，易出現漂移藥害。要強調的是，草甘在果樹林譬如柑橘園使用時，對根系還是有破壞的，長期使用會導致果樹黃化等現象。

　　六、兩者前景不一樣：

　　草銨膦市場前景良好，增長迅速，但產品生產技術難度也較高，工藝路線也復雜，國內僅有極少公司能規模化生產。雜草專家劉長令認為，草銨膦無法打敗草甘膦，從成本來考慮，一噸草甘膦價格大約在2萬，一噸草銨膦價格大約在5萬——草銨膦的推廣，價格上的差距就是一道無法跨越的鴻溝。

　　草甘膦所面臨的核心問題，是抗藥性。因著草甘膦的高效、低價、人體代謝快等優勢，草甘膦距離被市場自由淘汰尚且有很長一段時間。針對草甘膦的抗藥性問題，目前混配使用是一個不錯的對策。